历史上，定林寺分为“上定林寺”、“下定林寺”两处。宋景平二年（ 423 年）“慧觉”于南京钟山创建“下定林寺”，刘宋元嘉十六年（ 439 年），外国高僧竺法秀（昙摩蜜多）在南京钟山紫霞湖一带建“上定林寺”，文艺评论家刘勰皈依佛门后，依止大学僧“僧佑”十余年，所著不朽巨著《文心雕龙》即完成于上定林寺。

　　　根据史籍记载：佛陀涅槃后，有两颗佛牙舍利留存世间，一颗传入锡兰（今斯里兰卡），一颗传入当时的乌苌国，后由乌苌国传到于阗。五世纪中，南朝高僧“法献”游于阗，把佛牙带到南齐首都建康（南京）上定林寺佛牙阁里，广受四方佛徒朝拜，这颗佛牙便供养在北京西山八大处灵光寺佛牙舍利塔里。

　　　　南宋孝宗乾道时 (1164～1173) ， 高僧善鉴将“上定林寺”匾额移至方山，重建定林禅寺，与南京钟山上定林寺在子午线上南北正对，同时建定林寺塔，此塔已有 800 余年历史，专供佛像，不能上人。

　　　　据清同治《上江两县志》称：宋乾道间，善鉴和尚因钟山定林寺废，便募资建寺于此，沿袭寺名。塔建于乾道九年，高十三米。底层特高，南面开门，另三面各有佛龛，塔刹和腰檐已毁。此后，远近信徒、施者接踵而至，佛殿﹑法堂﹑僧房次弟建成。 据《金陵梵刹志》记载：全国佛寺“轮藏”之祖——傅（翕）大士即在方山定林寺建轮藏并广为-，（史载傅翕与禅宗初祖菩提达摩、宝志共尊为“梁朝三大士”）。

　　　　同时，南朝梁武帝萧衍时，来自天竺的达摩祖师留在建康期间，曾到方山定林寺举行佛事活动，方山至今尚保留有“达摩崖”等历史古迹，为禅宗之祖达摩偃坐之地，故此，在佛教界有“南定林、北少林”之说。

　　　　另载，定林寺曾于元至治年间（ 1321 ～1323 年）和明天顺年间居士朱福宝及其诸子重建（ 1457 ～1464 年）两次大修后， 随后即遭到破坏，至清同治年间寺庙已毁，至太平天国时，更被毁殆尽，清光绪间，由世称“道明师祖”的僧人向四方化缘重建，增其旧志，规模宏大。而不幸文革期间，寺遭劫毁，仅塔尚存，目前为南京历史最久的楼阁式硬塔，塔高约 14.50 米，为七级八面仿木结构楼阁式砖塔，底层较高，边长 1.46 米，直径 3.45 米。 1982 年，方山定林寺塔被公布为省级文物保护单位，在世界著名的斜塔中，意大利比萨斜塔倾斜度为 4 度，苏州的虎丘塔倾斜度为 3.5 度，而经过纠正的方山定林寺斜塔斜为 5.3 度，《新华社》 2003 年 11 月 5 日称：定林寺斜塔至今仍堪称世界第一斜塔。

　　　　为了恢复千年佛教古刹圣迹，在国家和当地政府以及社会各界的关注下，定林寺得以再次重建，大雄宝殿目前已竣工，殿内佛像及山门、藏经楼、天王殿、功德堂、钟楼、鼓楼、禅堂、斋堂、祖堂、客堂、僧寮等建筑还将陆续兴建，愿有缘佛寺的大德善士能随缘乐助，共襄善举，功德无量。