1993年3月13日，当地在对汤山溶洞进行旅游开发期间，在洞南侧下方的小洞内挖掘出一具人类颅骨化石；4月17日，南京市博物馆的专业人员清理农民挖出的动物化石时，又发现一具人类颅骨化石；同年12月10日起至次年1月16日，由吕遵谔领队，对发现两具颅骨化石的葫芦洞小洞进行了发掘，1月8日在小洞东南角的化石层下部发现了一枚人类牙齿化石。伴随一系列发掘中还有肿骨鹿、棕熊、貉、中国鬛狗等十多种古动物化石的发现。研究与鉴定结果表明，南京人生活的地质时代为中更新世中期，距今35万年左右，在体质发展阶段上应属于人类演化的直立人阶段。

　　南京人在我国古人类演化序列中的位置，应在北京人时期偏晚的阶段，而早于安徽和县人。南京直立人的出土对研究当时南方环境、古气候、动物群的迁徙及其与人类的关系等有重要价值，是我国古人类及旧石器时-古领域的重要发现。2006年南京人化石地点作为旧石器时期的古遗址，被国务院列入第六批全国重点文物保护单位。