1942年8月，根据抗日战争形势发展的需要和中共中央华中局关于开展灰色隐蔽斗争的指示，第三战区淞沪游击队三北游击司令部在金仙寺成立，何克希任司令，连柏生任副司令，谭启龙任政治委员，刘亨云任参谋长，张文碧任政治部主任。司令部成立后，立即将部队统一整编为三、四、五支队，简称“三五支队”。

　　9月1日，司令部在金仙寺举办浙东第一期教导队，学员达70余人，由蓝碧轩任队长，张浪任指导员。9月22日，中共浙东区委和三北游击司令部领导在金仙寺召开会议，作出了“坚持三北，开辟四明”的重大战略决策。在司令部领导下，1942年11月12日，三北根据地经受了浙东第一次反顽自卫战争的考验。三北游击队依靠人民群众的支持和地方党组织的密切配合，把制造摩擦、破坏抗日、妄图把人民抗日力量消灭于“立足未稳之际”的国民党忠义救国军2000余人逐出三北，削弱了顽敌在三北的军事力量，为抗日游击区的进一步扩大打开了新的局面。

　　1943年8月，中共浙东区委与三北游击司令部进驻余姚横坎头村和梁弄镇，逐步形成了以四明山为基地，梁弄为军事指挥中心的浙东抗日根据地。

　　据史书记载，金仙寺初建于南朝梁大同年间（535－546年），原名精进庵。唐肃宗乾元年间（758－760年），福林智度禅师驻于此进行扩建，改名“福林庵”。北宋英宗治平二年（1065年），因福林庵与万仙翁祠前后相列，皇帝敕赐庵额为“金仙寺”。明熹宗天启元年（1621年）僧兴宏、清康熙三十八年（1699年）僧本仁和康熙五十九年（1720年）僧圆微先后三次扩建。道光十五年（1835年）毁于火，僧道法重建。同治元年（1862年）毁于兵燹，十二年（1873年）僧古香重建。光绪十七年（1891年）炳瑞法师任住持，募资扩建。

　　解放后，寺院因年久失修而拆除，仅保留当年司令部成立后办公用的7间藏经楼。1989年寺院开始大规模修复，至今已建成山门、天王殿、大雄宝殿、观音殿、玉佛殿、地藏殿、葛仙翁殿及东西厢房等殿堂楼阁，雕塑全堂佛像，并再现了望湖楼、望海亭和七塔等胜迹。2003年12月慈溪市人民政府将司令部成立旧址公布为第五批文物保护单位。