1988年9月浙江省文物考古所与海宁博物馆对该遗址进行抢救性发掘。发掘面积约350平方米，文化层厚约2.2—3.5米。清理出良渚文化墓葬16座，随葬品有琮、璧、钺等玉器及石锛、石凿、石犁和陶器共达380件。第二次发掘时间为2002年11月至2003年4月，考古发掘面积500平方米，文化层厚约2—3.1米,发现墓葬12座，出土器物51件。

　　第三次全国文物普查钻探表明，现存遗址面积为两块，东部面积约为2400平方米，东西宽约45米，南北长约55米，文化层厚约1.5米。西部面积约1500平方米，东西宽约30米，南北长约50米，文化层厚约1.5米，内涵丰富。

　　荷叶地遗址是良渚文化时代的一处大型贵族墓地，发现在此墓地上举行过若干次与火有关的重要宗教活动迹象。遗址的发现及发掘在考古界受到特别重视，为深入研究良渚文化提供了宝贵的资料。

　　2011年1月，公布为第六批浙江省文物保护单位。