药王庙建于光绪14年（1888年），正是奇台县城从老奇台搬至古城时，当时该县人口密集，瘟疫四起，前后两年经历了两次大的瘟疫，军队和商民都深受其害。为了扑灭瘟疫，古城内相继开张了很多药铺，内地郎中及药商奔赴古城，此地的药材生意十分火爆。内地的药材运抵古城再分售天山南北，本地药材经此地运往内地。民众祈求消除瘟疫，身体健康，建起了药王庙。随着药材生意的兴起，该庙成为药材行业的聚会所，维护药商的的合法权益。据县志记载，光绪年间，古城内有药铺二十余家，分为内科、疗疮科、骨科，既看病又售药。民国期间，药王庙办起医师学堂，分药剂师，药王庙在古城历史上占有重要地位。

　　该庙宇修建的小巧古朴，集中体现了中医药传统的玄妙。庙堂内供奉药王孙思邈，锁定人心，驱邪避魔，利用传统文化凝聚汉文化的精华弘扬中医传统。由于北方草药须从南方运来，这里又是药商的集聚地。北方独有的动物药、矿物药、戈壁生长的耐旱草药在此运往内地，商业的缘故同时促成了药王庙的诞生。

　　该庙早年属民心所向，该地区的中医药很兴旺，早年有骨科、内外科、小儿科，虽说这些药铺不在该庙里，但都是与药王有着千丝万缕的联系。该庙宇对于研究中医药发展史、药业流通史和汉民族发展史颇具价值。对于中医药的发展起到承前启后的作用。这是新疆地区仅存的一座药王庙，值得保护，启迪后人不忘前人的创业历程。由于该庙四周被围，缺少活动场地，因而需要搬迁修复。