吉木乃县国家湿地公园位于吉木乃县西南部，萨吾尔山北麓，四至范围为东部、北部以海拔2500米线为界（海拔2500米以上为高山带），南至海拔3200米以下的湿地分布区（海拔3200米为冰川雪线，以上为冰雪作用带），西至国境线，地理坐标为北纬47°6′4″～47°10′30″，东经85°33′58″～85°42′28″。湿地公园东西长13公里，南北宽13公里，总面积4965公顷，其中湿地总面积2437公顷，占湿地公园总面积的49.1%。

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