1979年，被巨野县革委会将文庙公布为县级重点文物保护单位。2006年12月7日，被山东省人民政府公布为第三批省级文物保护单位。

　　金元时期，巨野文庙原建于城北，由于水患屡建屡废。明洪武十五年移建今址，为祭祀孔子之所。明永乐、正统、成化、正德年间不断增修扩建，建有文昌宫、尊经阁、名宦祠、乡贤祠等以及学田二十亩；万历三十三年建太和元气坊、泰昌元年筑奎楼、天启初年建两庑，至清康熙四十一年（1702年），县令章弘“鼎新正殿，续成诸祠，规制乃备”，并创建义学。文庙共有殿、堂、楼、阁、斋、庑、亭、坊等建筑70余间，自南而北以太和元气坊，棂星门，泮池、戟门、大成殿、明伦堂、尊经阁、形成文庙中轴线，两侧建有进德斋，修业斋、东庑、西庑、名宦祠、乡贤祠、东华门、西华门等，占地已达三十余亩。雍正十一年县令廖开春将义学易名“麟川书院”。光绪二年，毕炳炎将书院西拓，并改名“麟州书院”。1947年，文庙荒颓，配套建筑渐遭毁坏，至“文革”以后，仅存大成殿。

　　1982年，山东省文物局拨专款对濒临倒塌的大成殿进行了修缮。1995年，粮所搬迁，复建了大成门，大成殿内恢复了孔子及四配塑像，制作了神龛、御匾、香案等附属设施。

　　大成殿是文庙的主体建筑，殿基为砖石混砌，台基高1.4米，东西长22.3米，南北宽14.25米。大殿通高13.7米。面阔五间，进深三间，重檐九脊歇山式建筑。翼角飞翘，绿瓦朱薨，斗拱盘错，雕梁画栋。大殿四周有24根大型石柱支擎，石柱高3.48米，径约0.55米。前檐下的8根以及后檐两端的石柱为高浮雕双龙戏珠，上缀浮云，下着波涛，造型生动，雕琢精工。其它石柱为浅浮雕缠枝花卉。构图繁缛，记忆精湛。后廊中间两根石柱上分别刻有“大清康熙四十一年七月二十一日”“宣议郎知巨野事宛平章弘重建”铭文。殿内有朱红明柱八根，直径0.5米，下垫鼓形石础，上擎殿架，梁叠檩穿，勾心斗角，显示出高超的建筑技巧。此大成殿系仿曲阜孔庙大成殿所营建。殿内尚有附属文物，为一套清代景泰蓝祭器，制作精良保存完好。

　　殿前设有月台，高1.2米，东西长16.1米，南北宽10.30米。

　　巨野文庙是鲁西南现存最完整的一座明代建筑。主体建筑大成殿在建筑设计与营造上均仿照曲阜孔庙大成殿，集建筑技术与文化艺术于一体，构制巧妙，工艺精致。檐边彩绘富丽堂皇，特别是殿周石柱或深雕虬龙、或浅雕花卉，既有动感又不失稳重。主体建筑大成殿在建筑设计与营造上均仿照曲阜孔庙大成殿，集建筑技术与文化艺术于一体，构制巧妙，工艺精致。檐边彩绘富丽堂皇，特别是殿周石柱或深雕虬龙、或浅雕花卉，既有动感又不失稳重，体现出古代匠人的高超技艺，巨野文庙是儒家思想文化在鲁西南发扬光大的历史见证，有其独特的艺术价值和较深刻的文化内涵。