古城墙始建于明洪武二十七年（1394年），明政府为了加强海防，防倭寇侵扰令夏侯周得兴在东南沿海筑建所城。清朝康熙年间，施琅收复台湾后，在明代古城内成立水师提督衙门（厦门市公安局附近）。康熙二十四年，旧的城墙被拆除重新扩建，城墙周围长约2000米。清乾隆十七年（公元1752年），第二次重修，进行扩建。厦门城遗址是厦门城遗留的重要遗迹，也是厦门城市发展历史的重要见证，截止2003年考古发现的只有约120米。

　　厦门城始建于明洪武27年（1394年），厦门城原周长1360米、高6米，基广约2.9米，设4个城门、22个窝铺。城门4座依次为东“启明”门、西“怀音”门、南“洽德”门、北“潢枢”门。移永宁卫中、左千户所官兵驻军1240名戍防，厦门至此有“中左所”之称，属福建都指挥使司。与金门所城、高浦所城、以及永宁卫城、镇海卫城互为犄角，巩固了海防。

　　明永乐十五年（公元1417年），城墙增高为2.2丈(7米),四城还增设月城。明正统八年（公元1443年），加筑敌楼四座。

　　清康熙20年（1681年），清军在与南朝郑氏政权的对抗中将城摧毁，至康熙22年（1683年）收复台湾后开始由福建水师提督、靖海侯施琅重修重建，并将城墙周长扩至1920米，城墙增高至9.6米。康熙24年，旧的城墙被拆除重新扩建，城墙周围长约2000米。清乾隆十七年（公元1752年），第二次重修，进行扩建。

　　鸦片战争时，英军攻占厦门城，城垣遂逐渐废。到20世纪初，其城墙仍依旧完好，内外城仍轮廓分明。直到1919年，由林尔嘉任会长的厦门市政会倡议开辟马路，方便交通，厦门古城墙及附属设施大部分被陆续拆除。厦门城仅存北面城墙一段，总长约80米，西北至东南走向，墙残高2-7米，呈斜坡状，顶宽3.5-6米。墙体两侧以花岗岩条石干砌而成，中部以三合土填筑。条石长1.4米，宽0.28米，高0.3米，以横、纵相间的形式排列。

　　1961年厦门城遗址由厦门市政府公布为第一批市级文物保护单位；

　　1983年厦门市人民委员会重新公布为第一批市级文物保护单位；

　　1994年，在厦门建城600年之际，市政府拨款15万元对古城墙进行维修，修复城墙64米，复建城垛28个，清理环境，立碑建亭，铺造通路，并召开了“纪念厦门建城600周年大会”；

　　2003年8月，市文化局召开发布会，表示将在这段明古城墙基础上建一个城址博物馆；

　　2004年8月4日，厦门市文物管理委员会召开第二次扩大会议，会上决定厦门城遗址将申报全国重点文物保护单位、第六批省级文物保护单位。

　　2005年5月厦门城遗址被列入第六批福建省级文物保护单位。

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