建于明代万历二十年（1592年），至今已有近400年的历史。是明神宗的母亲孝定李太后下令敕建用以居水斋禅师，水斋大弟子为神宗的替修。神宗赐额“长椿”，意味着神宗祝愿他母亲健康长寿。李太后死后人们叫她“九莲菩萨”，所以长椿寺里一直保存着一幅九莲菩萨像。另外，明代最后一个皇帝崇祯，因想念他的生母孝纯刘太后，让画家画了一张刘太后像，也挂在长椿寺内。光绪年间两幅画像只剩下刘太后像，在“0”期间，刘太后像也丢失了。在长椿寺中原来还有一座渗金多宝佛铜塔，高1．5丈，铜塔已移至万寿寺。

　　长椿寺在康熙年间因地震颓毁，后由首辅冯溥捐资重葺。在长椿寺旁有清初文人龚鼎孳所修妙光阁。妙光阁在乾隆时倒坍，嘉庆时重建，改名浙寺。李大钊等烈士遗体曾先后在长椿寺和浙寺停厝。浙寺已拆除。长椿寺为北京市市级文物保护单位。

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